马塞诸斯州大学波士顿

Liam Revell, Professor, Biology

利亚姆瑞

部门:
生物学
标题:
教授
地点:
ISC楼0404150
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传记

我是一名进化生物学家，毫无疑问，我以在计算生物学方面的工作而闻名，特别是在系统发育方法的发展及其在软件中的应用方面。我的广泛使用的R包phytools是系统发生生物学最重要的核心R包之一。除了phytools之外，我和Revell实验室的成员还开发、维护或参与了许多其他生物科学科学计算项目。

专业领域

计算生物学，系统发育学，进化

度

哈佛大学生物与进化生物学博士，马萨诸塞州剑桥

密苏里州圣路易斯市华盛顿大学进化、生态学和种群生物学硕士

学士，生物学，波士顿大学，波士顿，马萨诸塞州

专业刊物及贡献

书

  1. 雷维尔，l.j.和l.j.哈蒙，2022。系统发育比较方法，普林斯顿大学出版社，普林斯顿新泽西州。440页链接

出版和在新闻文章或书籍章节

  1. 雷维尔，L. J.哈蒙，R. E.格洛，2005。序列进化的低参数化模型导致了分子系统发育多样化率估计的偏差。系统生物学54:973-983。
  2. 雷维尔，L. J.哈蒙，R. B.朗格汉斯，J. J.科尔比，2007。用系统发育的方法来确定新热带蜥蜴cristatellus表型进化限制的重要性。进化生态学研究9:261-282。
  3. 雷维尔，l.j. 2007。波动相关突变与选择下的G矩阵。进化61:1857-1872。
  4. 雷维尔，l.j. 2007。在系统发育背景下测试遗传约束假说：一项模拟研究。进化61:2720-2727。
  5. 雷维尔，L. J.， M. A. Johnson， J. A. Schulte II， J. J. Kolbe和J. B. Losos. 2007。岩石蜥蜴适应收敛的系统发育测试。进化61:2898-2912。
  6. Johnson， M. A. Leal， L. Rodríguez Schettino， A. Chamizo Lara， L. J. Revell和J. B. Losos. 2008。西印度蜥蜴觅食方式进化的系统发育研究。动物行为学75:555-563。
  7. 雷维尔，l.j.和a.s.哈里森。2008。系统发育典型相关分析程序。生物信息学24:1018-1020。
  8. 雷维尔，l.j.和l.j.哈蒙。2008。测试关于连续性状进化速率矩阵的定量遗传假设。进化生态学研究10:311-321。
  9. 雷维尔，l.j. 2008。系统发育中沿单个分支的进化变化分析。美国自然学家172:140-147。
  10. 雷维尔，L. J.哈蒙，和D. C.科勒，2008。系统发育信号、进化过程和速率。系统生物学57:591-601。
  11. 雷维尔，L. J.和D. C.科勒，2009。用似然法对进化相关性进行系统发育分析。进化63:1090-1100。
  12. 雷维尔，l.j. 2009。种间比较研究的大小校正和主成分。进化63:3258-3268。
  13. 雷维尔，L. J.， D. L. Mahler， J. R. Sweeney， M. Sobotka， V. E. Fancher， J. B. Losos, 2010。非线性选择及方差和协方差的演化。生物进化学报23:407-421。
  14. 可爱，k.r., d.l.马勒和l.j.雷维尔，2010。波多黎各五种蜥蜴自切尾率及形态。进化生态学研究，12:67-88。
  15. 约翰逊，m.a.， L. J.雷维尔和J. B.洛索斯。2010。行为趋同与适应性辐射：栖息地利用对蜥蜴领土行为的影响。进化64:1151-1159。
  16. 林登福斯，P.， L. J.雷维尔和C. L.纳恩，2010。灵长类动物有氧能力的两性二态性：一个系统发育试验。进化生物学杂志23:1183-1194。
  17. 马勒，d.l.， L. J. Revell， R. E. Glor， J. B. Losos, 2010。大安的列斯群岛变色蜥蜴多样化的生态机会和形态演化速度。进化64:2731-2745。
  18. 雷维尔，l.j. 2010。物种数据的系统发育信号和线性回归。生态学与进化方法1:319-329。
  19. Kolbe， J. J. Revell， B. Szekely， E. D. Brodie III和J. B. Losos, 2011。加勒比Anolis生态形态表型整合的趋同进化及其与形态多样化的一致性。进化65:3608-3624。
  20. 雷维尔，L. J.， D. L. Mahler， P. R. Peres-Neto和B. D. Redelings, 2012。一种鉴定异常表型多样化的新方法。进化66:135-146。
  21. 桑格，T. J.， L. J.雷维尔，J. J.吉布森-布朗，J. B.洛索斯，2012。早期肢体形态发生程序的反复修改是蜥蜴相对长骨长度变异的基础。英国皇家学会学报，B辑279:739-748。
  22. 斯莱特，g.j.， L. J.哈蒙，D. Wegmann， P. Joyce， L. J. Revell， M. E. Alfaro, 2012。用近似贝叶斯方法拟合不完全抽样比较数据的连续性状进化模型。进化66:752-762。
  23. 李立杰。2012。phytools：一个用于系统发育比较生物学（和其他东西）的R包。生态学与进化方法3:217-223。
  24. 雷维尔，L. J.和R. G.雷诺兹，2012。一种新的贝叶斯方法拟合进化模型与种内变异的比较数据。进化66:2697-2707。
  25. 李立杰。2013。关于使用随机性状图来估计连续值性状的进化速率变化的评论。系统生物学62:339-345。
  26. 雷诺兹，r.g., a.r. Puente-Rolón, r.n.里德和l.j.雷维尔，2013。一种外来蟒蛇入侵波多黎各的基因分析。生物入侵学报15:953-959。
  27. Muñoz， M. M.， N. G. Crawford， T. J. McGreevy， N. J. Messana， R. D. Tarvin， L. J. Revell， R. M. Zandvliet， J. M. Hopwood， E. Mock， A. L. Schneider， C. J. Schneider. 2013。黄颡鱼（Anolis marmoratus）种复合体的颜色分化与生殖隔离的进化。分子生态学22(2):2668-2682。
  28. Puente-Rolón， A. R.， R. G. Reynolds， L. J. Revell. 2013。初步的遗传分析支持洞穴种群作为波多黎各特有濒危蟒蛇（蟒蛇科：无齿蛇）的保护目标。PLoS ONE 8: e63899。
  29. 雷诺兹，r.g.， M. L.尼米勒，S. B.赫奇斯，A.多恩伯格，A. R. Puente-Rolón，和L. J.雷维尔，2013。西印度蛇类的分子系统发育与历史生物地理学。分子系统发育与进化[j]；
  30. 马勒，D. L. L. Ingram， L. J. Revell和J. B. Losos, 2013。岛蜥蜴辐射中宏观进化景观的异常趋同。科学341:292-295。
  31. 李立杰。2013。两种新的系统发育性状进化图谱绘制方法。生态学与进化方法4:754-759。
  32. 雷诺兹，r.g.， M. L.尼米勒，L. J.雷维尔，2014。迈向蟒蛇和蟒蛇的生命之树：史无前例的分类群取样的多位点物种水平系统发育。分子系统发育与进化[j]；
  33. 雷维尔，2014。数量遗传学阈值模型下的祖先特征估计。进化68:743-759。
  34. 雷诺兹，r.g., a.r. Puente-Rolón， M.巴兰迪安和L. J.雷维尔，2014。波多黎各别克斯岛上的伊斯帕尼奥拉蟒蛇。爬行动物注释7:121-122。
  35. 雷维尔，2014。系统发育比较数据可视化的图形方法。现代系统发育比较方法及其在进化生物学中的应用：概念与实践（L. Z. Garamszegi主编）。
  36. 雷维尔，L. J.和S. A.张伯伦2014。rphilip：一个R接口。生态学与进化方法5:976-981。
  37. 斯图尔特，Y. E.， T. S. Campbell， R. G. Reynolds， P. A. Hohenlohe， L. J. Revell， J. B. Losos, 2014。同源物种入侵后本地物种的快速进化。科学346:463-466。
  38. 科勒，D. C.， P. C. Wainwright， M. E. Alfaro， L. J. Revell， R. S. Mehta, 2014。咬伤破坏了鳗鱼颅骨的进化整合。自然通讯5:5505。
  39. Reynolds, r.g., a.r. Puente-Rolón， R. Platenberg， K. Tyler， P. J. Tolson和L. J. Revell. 2015。大分化和低多样性提示了濒危的维尔京群岛蟒蛇（Chilabothrus monensis）的遗传保护策略。生态学报（自然科学版）3(3):487-502。
  40. 雷维尔，L. J.， D. L. Mahler， R. G. Reynolds和G. J. Slater。2015。使用连续的特征数据将隐式的、最近灭绝的或假设的分类群放入一个超系统发育：以蜥蜴Anolis roosevelt为例研究。进化69:1027-1035。
  41. 哈里森，a.s.， L. J. Revell和J. B. Losos, 2015。西印度蜥的微栖息地、形态和行为的相关进化：栖息地矩阵模型的检验。行为152:1187-1207。
  42. Winchell, k.m., r.g. Reynolds， S. Prado-Irwin, a.r. Puente-Rolón, and l.j. Revell. 2016。热带蜥蜴在城市地区的表型变化。进化70:1009-1022。
  43. Reynolds， R. G.， D. C. Collar， S. A. Pasachnik， M. L. Niemiller， A. R. Puente-Rolón, and L. J. Revell. 2016。大安的列斯群岛蟒蛇的生态特化和形态多样化。进化70:1882-1895。
  44. 泰勒，r.k., k.m.温切尔，L. J.雷维尔，2016。城市的尾巴：在波多黎各的城市和自然地区，热带蜥蜴的尾端自切。爬行动物学报50:435-441。
  45. 阿西拉，D.， G. Ortí， R. Vari， J. W. Armbruster， M. L. J. Stiassny， K. D. Ko， M. H. Sabaj， J. Lundberg， L. J. Revell， R. Betancur-R。2017. 全基因组审讯促进了生命树中顽固性群体的解决。自然生态与进化1:00 . 20。
  46. 雷诺兹，r.g.， T. R. Strickland， J. J. Kolbe， B. G. Falk， G. Perry， L. J. Revell和J. B. Losos, 2017。广泛分布的加勒比变蜥的群岛遗传学。生物地理学报（英文版）44(2):631- 647。
  47. 温切尔，k.m.， E. J.卡伦，A. R. Puente-Rolón，和L. J.雷维尔。2018。两种城市蜥蜴不同的栖息地使用。生态与进化8:25-35。
  48. 雷维尔，L. J.， L. E. González-Valenzuela， A.阿方索，L. A. Castellanos-García， C. E.瓜尼佐和A. J.克劳福德，2018。比较树木、分支和特征之间的进化速度。生态学与进化方法9:994-1005。
  49. 雷维尔，2018。比较系统发育树之间的物种形成和灭绝速度。生态学与进化8:5303-5312。
  50. 温切尔，k.m， I. Maayan， J. R. Fredette和L. J. Revell. 2018。城市蜥蜴运动表现与形态变化的关系。英国皇家学会学报，B 285: 20180229。
  51. 雷维尔，L. J.， K. Schliep， E. Valderrama和J. E. Richardson. 2018。系统发育比较分析中的图表：重新审视安斯科比的四重奏。生态学与进化方法9:2145-2154。
  52. 温切尔，k.m， D.布里格斯，L. J.雷维尔。2019。城市生活的危险：城市蜥蜴的伤害模式和波动不对称。生物学报126:276-288。
  53. Bawa, k.s.， T. Ingty， L. J. Revell， K. N. Shivaprakash。2019。开花植物（单子叶植物）花大小与种子数量的相关进化。植物学年鉴123:181-190。
  54. 李立杰。2019。一个用于群体遗传模拟和数值分析的R包。生态学与进化9:7896-7902。
  55. 普瑞多-欧文，s.r， L. J.雷维尔，K. M.温切尔。2019。城市种群和森林种群中凤头石羚尾部形态的变化。生物学报128:632-644。
  56. 郭奇，Q. N.， R. G. Reynolds， L. J. Revell。2020。加勒比海别克斯岛波多黎各凤头鹦鹉的历史异种和次级接触或初级整合。生物学报129:114-127。
  57. 雷诺兹，r.g.， J. J.科尔比，R. E.格洛尔，M. López-Darias， C. V. Gómez普尔罗伊，A. S.哈里森，K.德奎罗兹，L. J.雷维尔和J. B.洛索斯。2020。棕变色蜥在加勒比地区定居的系统地理和表型结果为适应性辐射的开始阶段提供了见解。生物学报33:468-494。
  58. 温切尔，k.m., k.p. Schliep, d.l. Mahler和l.j. Revell. 2020。一个广泛分布的新热带蜥蜴分支的系统发育信号和进化相关性。进化74:1274-1288。
  59. 朱,Z.-X。， F. J. Escobedo， L. J. Revell， T. Brandeis， J. Xie, h . F.。王》2021。利用系统发育多样性探索热带沿海城市森林的社会经济和生态驱动因素。城市林业与城市绿化。
  60. Avilés-Rodríguez, k.j., k.m. Winchell, l.f. De León，和l.j. Revell. 2021。城市和森林生境中蜥蜴对大飓风的表型反应。生物学报133:880-895。
  61. 雷维尔，l.j.。基于惩罚似然的变速率数量性状进化模型。[j] [j] 1997。
  62. 雷维尔，l.j.。covid19。Explorer：用于探索美国COVID-19数据的web应用程序和R包。[j] [j] 9: 11489。
  63. 桑德，P. M.， E. M. Griebeler， N. Klein， J. Velez Juarbe， T. Wintrich， L. J. Revell和L. Schmitz。2021。早期巨型揭示了鱼龙大体型的进化速度比鲸目动物快。Science 374: eabf5787。
  64. López-Córdova， D. A.， J. avaria - lautureo， P. M. Ulloa， H. E. Braid， L. J. Revell， D. Fuchs，和C. M. Ibáñez。2022. 胶体类头足类动物的中生代起源及其多样性模式的突变。分子系统发育与进化[j]；
  65. 雷维尔，l.j., k.s.富山和d.l.马勒。2022。进化相关性异质性的一个简单层次模型——系统发育树。[j] [j][10]。
  66. Gunderson， A. R.和L. J. Revell. 2022。测试遗传同化与系统发育比较分析：概念，方法和统计方面的考虑。进化76:1942-1952。
  67. 温切尔，k.m， S. C.坎贝尔-斯塔顿，J. B.洛索斯，L. J.雷维尔，B. C.维雷利，A. J.日内瓦。2023。全基因组平行性是当代城市蜥蜴适应的基础。PNAS 120: e2216789120。
  68. Avilés-Rodríguez, k.j, l.f. De León, l.j. Revell. 2023。大飓风后城市和森林栖息地热带蜥蜴的种群密度。热带生态学64:122-132。
  69. 瑟曼，t.j.， T. M.帕尔默，J. J.科尔比，A. M.阿斯加里，K. M.戈达达，O.拉皮德拉，T. R.卡兹内尔，N.曼在菲尔德，L. J.雷维尔，J. E.韦格纳，T. W.舍纳，D. A.斯皮勒，J. B.洛索斯，R. M.普林格尔，R. D. H.巴雷特。2023。预测新的生态相互作用下的进化变化的困难：对蜥蜴的野外实验。美国自然学家2011:537-556。
  70. Michaud， R.， T. J. Hagey， L. F. De León， L. J. Revell和K. J. Avilés-Rodríguez。2023. 飓风干扰后森林和城市蜥蜴脚趾形状的几何形态计量学评估。生物工程学报（英文版）；
  71. 雷维尔，l.j. 2024。phytools 2.0：一个更新的R生态系统，用于系统发育比较方法（和其他东西）。[j] [j] [j]
  72. 雷维尔，L. J.， K. P. Schliep， D. L. Mahler和T. Ingram. 2024。系统发育上离散性状进化的异质率检验。生物学报37(3):1591-1602。
  73. 雷维尔，L. J.出版中。祖先重建：理论与实践。进化生物学百科全书，第二版。链接

提交的文章和预印本

  1. 雷维尔，L. J.和M. Leal。提交。生态群落的生殖性状位移。
  2. 雷诺兹，r.g.， A. H.米勒，A. Ríos-Franceschi， C.赫芬顿，J.弗雷代特，N. F.安吉利，S. I.维加-卡斯蒂略，L. J.雷维尔和A. R. Puente-Rolón。提交。波多黎各滩侏儒壁虎（鳞片目：球形壁虎科：球形壁虎科）的分子系统发育及巨壁壁虎的再描述。
  3. 卡明斯，c.o， P. Sebastini， L. J. Revell， J. Runstadler和N. J. Hill。提交。野生鸟类的迁徙行为与甲型流感病毒流行率降低有关。
  4. 德雷克，a.g.， L. J.雷维尔，C. P.克林根伯格，J. C.拉蒂默，N. C.纳尔逊，M. J.施密特，A. L.茨温根伯格，J. K.莫耶和J. B.洛索斯。提交。模仿猫的进化：猫和狗品种内部和之间的分化和趋同。
  5. L. J.雷维尔和L. J.哈蒙。提交。具有Γ-distributed树枝间速率异质性的系统发育比较生物学的离散特征进化模型。
  6. 雷维尔，L. J.提交。表型性状的祖先状态重建。

额外的信息

从我的职业生涯开始，我也一直保持着实证研究的维度，无论是直接的还是通过与同事的合作。这些研究大多集中在新热带地区的爬行动物，尤其是蜥蜴属的蜥蜴。

在2011年加入马萨诸塞大学波士顿分校之前，我是北卡罗来纳州达勒姆杜克大学国家进化合成中心的博士后研究员，并在哈佛大学获得了有机体和进化生物学博士学位。