马塞诸斯州大学波士顿

公告

• 蛋白质组学核心设施很高兴地宣布，他们已经获得了MLSC拨款，以资助新的Bruker timsTOF HT。敬请期待，2023年春季即将到来！

• 蛋白质组学核心设施很高兴地宣布iLab！

马萨诸塞大学波士顿蛋白质组学中心使用最先进的仪器和方法提供全方位的蛋白质组学服务。我们基于在生物质谱方面的丰富经验提供无与伦比的客户支持。我们的服务范围包括样品制备，自下而上的蛋白质鉴定，使用无标签和TMT复用策略的表达水平定量，PTM分析，2D分离和自上而下的蛋白质组学分析。我们的仪器在设计蛋白质组学实验方面提供了独特的灵活性，为您的项目提供最佳结果。核心主任Jason Evans教授在质谱和蛋白质组学领域拥有超过25年的经验，自2016年春季以来，我们一直服务于马萨诸塞大学波士顿分校多名主要研究人员的蛋白质组学需求。我们会花时间与您协商，了解您的需求，并制定最佳方案来分析您的样品，以便您从结果数据中获得最大的收益。我们非常努力地工作，以使我们的周转时间尽可能短。此外，作为马萨诸塞大学波士顿分校的核心设施，我们目前处于一个独特的位置，可以为员工少于10人的小企业提供75%的折扣服务，为员工少于50人的小企业提供50%的折扣，这些补贴是通过马萨诸塞州创新券计划提供的。

目录表

• 服务及定价
• 开始使用iLab
• 设备
• 一个典型的流程是什么样的
• 有用的定义
• 联系我们

服务及定价

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提取与消化

除非另有说明，否则蛋白质组学核心将使用Pierce质谱样品准备试剂盒提取和消化您感兴趣的蛋白质。

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1D-LC-MS （90 min.梯度）

通常，这包括使用Easy-nLC 1200与90分钟数据相关的CID/ETD决策树方法运行的样本。然而，在与核心协商时，可以讨论其他梯度和方法。然后使用Thermo Proteome Discoverer对原始数据进行处理。

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2 d-lc-ms

这项服务适用于全细胞胰蛋白酶消化。样品在UltiMate 3000 RS系统上使用高pH反相高效液相色谱分离成10个部分，每个部分使用90分钟决策树LC-MS方法进行分析。原始数据将用Thermo Proteome Discoverer进行处理。使用这种方法，核心在HeLa细胞消化中识别超过12,000种蛋白质。清单价格包括分析的总成本，而不仅仅是第一维分馏。

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完整蛋白分析

Proteomics Core将通过自上而下的LC/MS分析纯化的蛋白质样品，使用高效液相色谱柱，通过高分辨率ETD/HCD质谱分析10-150 kDa的蛋白质。这些数据将为您提供分子量确认，我们将能够评估蛋白质变体的存在并尝试定位PTM位点。

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TMT标签

蛋白质组学核心将根据您的多路复用策略，用TMT双工、6plex、10plex或16plex试剂标记您的样品。然后将样品组合并使用Orbitrap Fusion Lumos Tribrid的MS3功能作为单个样品运行。色氨酸肽将使用CID （MS2光谱）进行片段化，并使用HCD （MS3光谱）进行定量。定量数据在Proteome Discoverer结果文件中作为丰度值报告。这些丰度值是通过识别每个光谱文件的最小检测定量值来确定每个PSM（肽谱匹配）的报告离子的。肽丰度然后通过其相关和使用的PSM丰度的简单总和来确定。蛋白质丰度以类似的方式发现，使用其相关和使用的肽丰度的简单总和。

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无标签定量

蛋白质组学核心将提供经过处理的数据，包括由蛋白质组发现器确定的面积值。Proteome Discoverer通过确定提取的离子色谱曲线下的最大PSM（肽谱匹配）面积来确定这些面积值。然后将该区域设置为PSM所属肽群的区域。蛋白质区域计算为与该蛋白质相关的前5个肽组区域的平均值。

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小分子精确质量/CID

蛋白质组学核心可以为纯化小分子应用提供精确的质量和碎片数据。下载HRMS提交表格，向核心提供有关您的小分子的详细信息。

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完全单抗鉴定

蛋白质组学核心可以提供抗体的完整表征。这包括：完整的精确质量，完整的去糖基化质量，亚基分析，去糖基化亚基分析和糖肽分析，包括肽测序和糖型图。

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开始使用iLab

蛋白质组学核心很高兴开始使用iLab，这是一个在线系统，可以简化核心服务的计费过程，以及生物物理仪器核心（BIC）设施和扫描电子显微镜（SEM）。所有设施用户都被邀请使用该系统，这需要一次性注册，如下所述。一旦您注册成功，系统将允许您提供所需的批准，输入您的资金或PO号码，填写并提交提交表格样本，并监控您提交的进度。

注册帐户：

• 在注册页面上完成注册表格。
• 收到一封来自iLab的欢迎电子邮件（通常在一个工作日内）和登录凭据。
• 登录我们的化学核心页面在这里。
• 在右上角单击“Sign In”，将出现一个弹出窗口，显示“Sign In using iLab credentials”。点击iLab链接。
• 输入从iLab的欢迎邮件中收到的凭据。
• 蛋白质组学核心工作人员的一名成员将输入商定的服务。一旦添加，客户将能够审查服务并批准它们。
• 准备好提交示例后，选择Request Services选项卡。在这里，您可以要求样品提交服务或查看我们的价目表。
• 要启动样品提交请求，请单击sample submission （Proteomics）服务旁边的“Initiate Service”按钮。
• 在向核心提交请求之前，您将被要求填写表格并提供您的请求的付款信息。
• 你的请求将等待核心的审查。core会增加费用，然后反馈给你审批。请务必关注来自iLab的关于您的更新项目的电子邮件。

pi使用说明

如果您有使用核心服务的研究人员，您可能会收到希望加入您的小组的研究人员的电子邮件请求。请求电子邮件将有关于如何批准请求的具体说明。如果你对这个过程感兴趣，我们在下面粘贴了说明。如果您希望将这些通知/批准委托给财务经理，请将您的财务经理的姓名和电子邮件发送给iLab支持。

产品说明:

• 点击这里登录
• 您将使用您的iLab凭据登录。
• 登录后，在左侧菜单中寻找“我的群组”链接。悬停并选择您的实验室。
• 如果不希望批准低于特定金额的服务请求，请设置自动审批金额。为此，选择“Members”面板，在“Auto Pre-Approval”金额中输入一个美元金额，然后单击“save settings”。
• 要批准实验室成员申请，请选择“membership requests”选项卡。新的会员申请将显示在这个页面的顶部。点击“批准”接受一个成员进入您的实验室。如果他们不是你实验室的成员，点击“拒绝”。

额外的帮助

在iLab帮助网站上可以找到更详细的说明。对于任何未解决的问题，请点击右上角的“帮助”链接或联系iLab支持。

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设备

Proteomics Core目前使用最先进的Orbitrap Fusion Lumos Tribird质谱仪，配有Easy-ETD升级，以及Easy-nLC 1200或UltiMate 3000RS HPLC。核心使用Thermo Xcalibur程序套件来运行设备并分析原始数据文件。对于自下而上的研究，核心使用Thermo Proteome Discoverer来识别和/或量化客户样品中表达的蛋白质。对于自顶向下的研究，核心使用ProSightLite应用程序。

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一个典型的流程是什么样的

蛋白质组学核心工作努力确保高质量的结果和权宜的周转时间。为了达到这个目的，并且为了做到透明，我们在下面分享了我们对一个典型过程从头到尾的设想。我们想指出的是，每个实验/调查都是独一无二的，因此客户应该期望他们与核心合作的个人流程能够量身定制，以满足他们的特定需求。然而，大多数人会遵循以下事件的一般顺序：

• 与核心进行初步咨询，可以亲自或通过电话。这种咨询是为了把客户介绍给核心，把核心介绍给客户。在初始会议期间，将讨论客户项目的总体范围以及分析样本的预期策略，以确保及时获得最高质量的数据。
• 跟踪。在继续之前，客户和核心之间的后续对话可能需要确定细节。
• 签署蛋白质组学核心研究服务协议。通常，核心将发送这个表单，除了支付帐户和需要客户姓名、头衔、电子邮件和电子签名（可以在本教程后面的Adobe Acrobat中完成）的赞助商框之外，所有内容都已填写。该文件概述了核心要做的工作、工作成本以及资金将如何交换。
• 把样本送到堆芯。这可以是亲自交付或样品可以通过邮件发送给我们。
• 运行样本。核心将按照研究服务协议运行样品。核心和客户之间的沟通是至关重要的，因此任何问题或对商定的研究服务协议的必要修改将得到适当的讨论。如果大量样品被提交到岩心进行分析，岩心可能会定期发送更新。
• 处理原始数据。如果需要，核心将使用Proteome Discoverer（自下而上的蛋白质组学）或ProSight Lite（自上而下的蛋白质组学）处理原始数据。
• 将数据返回给客户端。一旦数据收集和处理完成，核心将与客户合作，确保他们的数据安全地返回给他们。这可以通过亲自访问校园或电子方式（通过电子邮件或上传到云端）来完成。如果客户端可以访问Proteome Discoverer，内核可以将处理过的数据作为Proteome Discoverer （. pdresult）文件返回，也可以作为Excel电子表格返回。有关解释处理过的数据的帮助，请参阅有用定义页面。
• 退出磋商。一旦工作完成，客户有一些时间来审查数据，客户和核心之间将至少再进行一次咨询。这次会议的目的是讨论数据，评估客户的总体满意度，并解决客户可能有的任何问题或担忧。

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有用的定义

这些有用的定义有助于理解Proteome Discoverer （PD）的输出。使用下面的链接或在Windows上使用Ctrl-F（或在Mac上使用Cmd-F）浏览此页面。

来源：Proteome Discoverer 2.1.0.81帮助内容。

• 蛋白质
• 肽组
• psm

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蛋白质

蛋白质FDR信心

由错误发现率（FDR）确定的鉴定蛋白的置信度。在核心使用的最常见工作流中，高置信度（绿色）的FDR为1%，中等置信度（黄色）的FDR为5%，低置信度（红色）的FDR为10%。这可以解释为高置信度命中率为99%准确率，中等置信度为95%准确率，低置信度为90%准确率。

主

表示该蛋白是否为某一蛋白群的主蛋白。

增加

所鉴定蛋白的唯一标识符由FASTA数据库使用。核心将交替使用UniProt和Swiss-Prot。

描述

与加入标识符相关联的蛋白质的名称。

Exp.核反应能量

由验证得到的实验q值。这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率。对于我们常见的工作流，高置信度的q值大于0.01，中等置信度的q值大于0.05。

PEP总分

该分数是根据（肽谱匹配）psm的后验误差概率（PEP）值计算得出的。PEP是观测到的PSM不正确的概率。

报道

被鉴定的多肽所覆盖的蛋白质的百分比。

# psm

所鉴定蛋白质的所有肽（包括冗余肽）的肽谱匹配（pms）的数量。

区域（如适用）

所鉴定蛋白质的每个PSM肽在提取的离子色谱下的面积之和。

丰度（如适用）

对于TMT标记的样品，丰度值表示每个TMT报告离子在样品中发现的蛋白质量。Proteome Discoverer在PSM（肽谱匹配）水平上确定丰度值。这些是肽丰度的总和。然后将多肽的丰度相加得出蛋白质水平上的丰度。

emPAI 

指数修饰蛋白丰度指数（emPAI）是一种简单的蛋白质丰度测量方法，基于该蛋白质的鉴定肽的数量。它与样品中蛋白质的绝对含量有关。

分数请求

蛋白质的分数是通过将每个肽的个体分数相加而计算出来的。这个分数越高，肽的个体分数越高，因此鉴定越好。是所使用的搜索引擎的名称。

#肽序列HT

鉴定蛋白中不同肽序列的数目。是所使用的搜索引擎的名称。

回到定义

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肽组

信心

与肽群识别相关的置信水平。绿色圆圈表示高置信度，黄色圆圈表示中等置信度，红色圆圈表示低置信度。

Qvality PEP 

该分数是根据psm（肽谱匹配）的（后验误差概率）PEP值计算的。PEP是观测到的PSM不正确的概率。质量是使用的搜索节点。

Qvality核反应能量

由验证得到的实验q值。这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率。对于我们常见的工作流，高置信度的q值大于0.01，中等置信度的q值大于0.05。

区域（如适用）

所鉴定的每个PSM肽在提取离子色谱下的面积之和。

丰度（如适用）

对于TMT标记的样品，丰度值表示每个TMT报告离子在样品中发现的蛋白质量。Proteome Discoverer在PSM（肽谱匹配）水平上确定丰度值。这些是肽丰度的总和。

XCorr请求HT

表示具有相同前体质量的两种不同肽共有的片段离子数量的分数，并计算搜索中所有候选肽的相互关系（XCorr）。换句话说，XCorr分数衡量了实验肽片段与理论光谱的拟合程度。一般来说，XCorr值大于2被认为是有利的。任何XCorr小于2的标识都应进一步分析以确定拟合优度。

回到定义

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肽谱匹配

信心

与肽序列鉴定相关的置信水平。绿色圆圈表示高置信度，黄色圆圈表示中等置信度，红色圆圈表示低置信度。

PSM模棱两可

PSM的分组状态。选项包括:

• 无歧义：此PSM是唯一匹配，没有歧义
• 选择：该PSM是从一组许多匹配中选择的，它考虑用于蛋白质组干扰过程。
• 被拒绝：这个PSM从一组被考虑的许多匹配中被拒绝。
• 歧义：两个或两个以上的psm被认为属于同一光谱，并且无法区分。
• 未考虑：由于蛋白组干扰，PSM不被认为是匹配的。

deltaScore

由特定光谱确定的肽的最高分数之间的差异的度量。

deltaCn

所选PSM与该频谱中得分最高的PSM之间的归一化得分差。

Percolator核反应能量

由验证得到的实验q值。这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率。对于我们常见的工作流，高置信度的q值大于0.01，中等置信度的q值大于0.05。

挪用公款者PEP

该分数是根据psm（肽谱匹配）的后验误差概率（PEP）值计算得出的。PEP是观测到的PSM不正确的概率。

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联系我们

核心导演

Jason Evans，博士，马萨诸塞大学波士顿办事处：ISC 03-3410 100 Morrissey Blvd Boston， MA 02125电话：617.287.6149电子邮件：Proteomics.Core@umb.edu

堆芯位置

综合科学大楼，3楼，房间3341和3640

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