应用程序
本地集群上的应用程序通常可以通过以下几种选择之一访问：
- 它们位于默认路径上。对于操作系统提供的大多数软件来说，这通常是正确的，比如编辑器等。
- 可以通过模块命令访问它们。
- 它们位于共享软件目录中。该目录为/share/apps。在gibbs上，软件应用程序可以在/shared/software中找到。有些软件包也可能在/opt或/usr/local下。
- 软件也可以本地安装到用户帐户。如果您是应用程序的唯一用户，或者应用程序经常被修改和重新编译，那么这可能是最好的选择。
一般来说，首选使用系统软件或通过模块命令使用软件（上面的选项1和2）。根据您的具体需求，直接在脚本或makefile中设置适当的环境变量（即选项3）可能更合适。
请发电子邮件给我们，您可能需要为您的研究提供任何额外的应用程序：it-rc@umb.edu。
可用应用：
- 注释:注释/ 3.05
- AnsysEM: AnsysEM / 16.1
- FastQC: FastQC / 0.11.3
- lamp: LAMMPS/stable- 9dec14 -mpich_g++，…
- PyMOL: PyMOL / 1.7.6.6
- R: R / 3.1.2
- SGA: SGA / 0.10.13
- 上海黄金交易所黄金交易所:/ 8.1.8
- StdEnv: StdEnv
- 深渊:深渊/ 1.9.0
- Acml /5.3.1: Acml /5.3.1/gfortran64_fma4_mp，…
- bamtools: bamtools / tripwire
- bcftools: bcftools / 2015.08.19
- Bcl2fastq: Bcl2fastq /1.8.4, Bcl2fastq /2.16.0.10
- bedtools: bedtools / 2.22
- 爆破：爆破/2.2.26、爆破/2.2.30+
- 增加:增加/ 1.57.0
- bowtie2: bowtie2/2.2.4
- bwa: bwa / 0.7.9a
- cloog: cloog / 0.18.1
- discovarexp: discovarexp / 52196
- fastStructure: fastStructure / 1.0
- 高斯:高斯/ g09
- GNU编译器家族（C/ c++ /Fortran for x86_64）
- gmp: gmp / 4.3.2
- gsl: gsl / 1.16
- hdf5: hdf5/1.8.15
- htslib: htslib / 1.2.1
- hydrolight: hydrolight / 5.1.4
- 英特尔:英特尔/ composer_xe_2013.1.117
- isl: isl / 0.12.2
- Jdk版本：Jdk /1.7.0_75, Jdk /1.8.0_31
- 5.8 lmod：一个环境模块系统
- maq: maq /是0.7.1
- matlab: matlab / R2014b
- matplotlib / python-2.7.9: matplotlib / python-2.7.9/1.4.3
- matplotlib / python-3.4.2: matplotlib / python-3.4.2/1.4.3
- misopy / python-2.7.9: misopy / python-2.7.9/0.5.3
- misopy / python-3.4.2: misopy / python-3.4.2/0.5.3
- modtran: modtran / 5.3
- mpc: mpc / 1.0.1
- mpfr: mpfr / 3.1.2
- mpich: mpich / 3.1.3
- numpy / python-2.7.9: numpy / python-2.7.9/1.9.2
- numpy / python-3.4.2: numpy / python-3.4.2/1.9.2
- open64编译器家族（C/ c++ /Fortran90/Fortran95 for x86_64）
- Openmpi: Openmpi /1.8.3, Openmpi /1.10.0
- pysam / python-2.7.9: pysam / python-2.7.9/0.8.2.1
- pysam / python-3.4.2: pysam / python-3.4.2/0.8.2.1
- Python: Python /2.7.9, Python /3.4.2
- qiime / python-2.7.9: qiime / python-2.7.9/1.9.1
- samtools: samtools / 1.2
- scala的:scala / 2.10.4
- 薛定谔:薛定谔/ 2015 - 3
- scipy / python-2.7.9: scipy / python-2.7.9/0.15.1
- scipy / python-3.4.2: scipy / python-3.4.2/0.15.1
- settarg: settarg / 5.8
- sortmerna: sortmerna / 2.0
- 火花:火花/ 1.5.2
- splicemap: splicemap / 3.3.5.2
- sratoolkit: sratoolkit / 2.4.5-2
- stochpy / python-2.7.9: stochpy / python-2.7.9/2.2
- stochpy / python-3.4.2: stochpy / python-3.4.2/2.2
- 结构:结构/ 2.3.4
- sumaclust: sumaclust / 1.0
- 群:群/ 1.2.19
- 大礼帽:顶环/ 2.0.13
- usearch: usearch / 6.1