R
R脚本可用于
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/分享/应用程序/培训/ sample_scripts / R
hello_world.r
写(“Hello, World !”,stdout())写(“从”,stdout())写(Sys.info()[[“nodename”]],stdout ())
脚本提交作业
#！/bin/bash # $ - s /bin/bash # # $ - l h_rt = 01:00:00 # $ - q清道夫。smp #$ -N r_Hello_World #$ -P SCAVENGER #$ -pe smp 1 #$ -cwd #
#诊断/日志信息echo "using $NSLOTS cpu " echo “ date ”
#加载R模块；如果需要，请更改版本，加载R/3.2.3模块
#运行Rscript——vanilla hello_world.r
#诊断/日志信息echo "Finish Run" echo “end time is ' date ”
并联R
hello_parallel.r
library(pbdMPI, quiet = TRUE) init() .com .size <- com .size（) .com .rank <- com .rank()）
写(粘贴(“Hello, World !From process ', .com .rank, 'of', .com .size),stdout（）
###完成finalize（）
脚本提交并行作业
#！/bin/bash # $ - s /bin/bash # # $ - l h_rt = 01:00:00 # $ - q清道夫。smp #$ -N r_parallel #$ -P SCAVENGER #$ -pe smp 4 #$ -cwd #诊断/日志信息echo "using $NSLOTS CPUs" echo “ date ”
#加载R模块；如果需要，请更改版本。模块加载R/3.2.3模块加载openmpi/1.8.3
在mpi下运行Rscript——香草hello_parallel.r
#诊断/日志信息echo "Finish Run" echo “end time is ' date ”
在GHPCC
脚本提交作业
#！/bin/bash # Usage: #BSUB -J "Sample-R" #BSUB -R rusage[mem=4096] #BSUB -q short #BSUB -W
#BSUB -e samp_r.err
模块加载R/3.2.2
Rscript——香草hello_world.r
#诊断/日志信息echo "Finish Run" echo “end time is ' date ”
脚本提交并行作业
#！#BSUB -J "R-parallel" #BSUB -R rusage[mem=4096] #BSUB -q short #BSUB -W
#BSUB -e samp_r.err
模块加载R/3.2.2模块加载openmpi/1.6.5
Rscript——香草hello_parallel.r
#诊断/日志信息echo "Finish Run" echo “end time is ' date ”