嵌合体脚本
可以使用‘sbatch’命令提交作业,通常后面跟着提交脚本的名称。示例脚本中包含公共行选项。完整的清单可以在手册页('man sbatch')中找到。可以通过‘ queue’命令获取排队或正在运行的作业的状态。
下载下面的示例脚本(下载后需要删除txt文件扩展名)。当您登录Chimera时,您可以将/share/apps/training/sample_scripts/ run_scraper .sh中的示例脚本复制到您的工作目录并根据需要进行修改。
还可以使用交互式作业提交。
#!/bin/bash
Chimera的slurm提交脚本示例# compute cluster #以#开头的行是注释,解释器会忽略。以#SBATCH开头的行是调度器的#指令。然后,可以通过添加第二个#来#注释掉它们(例如,##SBATCH行#将不会被调度程序处理)。## #设置作业名称#SBATCH——job-name=slurm-sample ##设置所需的处理器/任务数##SBATCH -n 4 #对于超线程,共享内存作业,设置1个任务,1个节点,#并设置——cpu -per-task为线程总数#SBATCH -n 1 #SBATCH——cpu -per-task=4
#设置所需节点的数量。对于共享#内存作业#SBATCH -N设置为1
#设置一个帐户使用#,如果没有使用,则默认使用#对于清除器用户,使用如下格式:##SBATCH——account=pi_first。对于贡献用户,使用以下格式:##SBATCH——account=
#设置最大时钟时间DD-HH:MM:SS #SBATCH——time=00-10:00:00
#SBATCH——mem=1gb
设置stdout和stderr的文件名。%j可以用#表示作业。#附加选项# sbatch——error=%x-%jerr #SBATCH——output=%x-%j。了#
#设置作业运行的分区。多个分区可以#指定为逗号分隔的列表#使用命令“sinfo”获取分区列表##SBATCH——partition=Intel6240 #SBATCH——partition=Intel6240,Intel6248,DGXA100 #限制环境变量的继承是# chimera12和13所需要的:#如果使用了这个选项,source /etc/profile如下。# SBATCH——出口=回家
#可选#邮件警报在开始,结束和/或失败的执行#查看sbatch手册页的其他选项## sbatch——mail-type=ALL #发送邮件到这个地址## sbatch——mail-user=first.last@umb.edu
将作业命令放在这里,包括加载任何需要的#模块或诊断回显。
这个作业只是报告主机名并休眠# 2分钟
#源本地配置文件。建议与——export=HOME或——export=NONE # sbatch选项一起使用。/ etc / profile
使用$SLURM_CPUS_ON_NODE的cpu
主机名睡眠120
#诊断/日志信息echo "Finish Run" echo “end time is ' date ”
互动
使用以下命令在chimera上提交交互式作业:
srun -n 1 -n 1——cpu -per-task=4 -p Intel6126 -t 01:00:00——pty /bin/bash
srun -n 1 -n 1——cpu -per-task=16 -p DGXA100 -t 01:00:00——gres=gpu:A100:1——export=NONE——pty /bin/bash