马塞诸斯州大学波士顿

自2017年以来，蛋白质组学核心设施一直使用最先进的仪器提供质谱服务。

我们的蛋白质组学核心设施为大波士顿生物技术社区内外的内部和外部客户提供服务。核心由杰森·埃文斯教授领导，他是化学系副教授，自2001年以来一直在麻省大学波士顿分校工作。核心设施由瑞秋·墨菲（Rachel Muriph）和米纳贾·弗格森（Mynaja Ferguson）带领的研究生团队在他的指导下运行。

核心设施的中心是两台最先进的纳米流液相色谱/质谱（LC-MS）仪器，这两台仪器都是由马萨诸塞州生命科学中心（MLSC）资助购买的。第一台仪器是2016年购买的nLC-Orbitrap Fusion Lumos混合质谱仪。这是通过支持马萨诸塞大学波士顿分校个性化癌症治疗中心发展的初始种子基金提供给我们的。第二种仪器是nLC-timsTOF，于2023年1月购买，资金来自MLSC，通过比特到字节奖。

这些仪器擅长分析从培养细胞或组织样本中获得的复杂样本。Orbitrap是一款高分辨率质谱仪，配备了电子转移离解（ETD）功能，可以根据样品的身份/复杂性进行定制分析。在一个典型的海拉细胞消化中，我们自信地在90分钟内识别出4000种独特的蛋白质。timsTOF通过利用基于迁移率的离子气相分离来提供4D分离。这与TOF的速度相结合，在45分钟内产生4500个可靠的蛋白质id。

Evans和Ferguson在蛋白质组学核心设施工作。图片来源：Javier Rivas

蛋白质组学核心设施已经开展了大量的项目，如抗体表征，翻译后修饰的定位，以及附着在纳米颗粒上的蛋白质的表征和定量。然而，我们专注于测量差异蛋白表达模式。蛋白质是细胞功能的驱动因素。在疾病状态下差异表达的蛋白质可以为理解受疾病影响的生物学途径提供一个窗口。这些差异表达的蛋白质是开发一种可以缓解疾病症状的治疗方法的潜在靶点。

核心设施与许多不同的客户合作，包括小型生物技术初创企业、当地医院和大学、大型生物技术公司，以及美国各地的少数学术合作伙伴。其中一些互动导致了研究合作和MLSC资助的项目，其中MLSC提供资金支持核心设施的新资本设备，公司为从事该项目的博士后研究助理提供薪水。我们正在与Pinetree Therapeutics公司进行一个为期三年的项目，重点是开发一种癌症治疗方法。另一项提案最近由MLSC资助，covariis作为我们的行业合作伙伴。这项新合同将改进和自动化我们的样品制备程序，为数据分析提供先进的计算性能，并支持马萨诸塞大学波士顿分校和塔夫茨大学之间的一个新的合作项目，该项目专注于设计用于药物输送的纳米颗粒。除了当地的生物技术公司，我们还与当地的高中生进行接触，为他们提供最先进的仪器和指导，否则他们无法获得。

波士顿马萨诸塞大学蛋白质组学核心设施的成立促进了内部研究项目的合作，促进了与当地生物技术社区的接触，并促进了波士顿马萨诸塞大学学生的专业培训。到目前为止，核心在许多项目的进展中发挥了重要作用，我们期待着在未来的许多年里继续为大波士顿的科学界服务。

员工发展

雷切尔·墨菲是化学系的博士生，在蛋白质组学核心设施工作。

“在蛋白质组学核心设施的工作使我接触到无数不同的项目和客户。例如，该中心已与许多当地生物技术公司合作，帮助正在进行的纳米颗粒药物输送系统的研究，辉瑞和Moderna的COVID-19疫苗使用的是相同的技术。

 

蛋白质组核心设施的墨菲。图片来源：Javier Rivas

 

这项工作的重点是有效载荷的传递效率，这涉及周到和仔细的样品制备，以及当纳米颗粒被放置在生物液体中时聚集在纳米颗粒上的蛋白质的特征，例如当它们在给药过程中与患者血液接触时。

与这些客户以及其他许多客户的密切合作，促进了马萨诸塞大学波士顿分校与当地生物技术公司之间的关系，这帮助我成为一名合作研究人员。

这些合作，以及蛋白质组学核心设施主任埃文斯教授的指导，让我接触到无数的科学项目，每个项目都需要一个独特的方法。我们的核心设施模式提供基于协作的服务，而不是简单的按服务收费模式。这让我有机会参与与客户的初步咨询，实验计划，收集和分析数据，生成报告，并最终与客户再次会面，向他们展示他们的数据。

在蛋白质组学核心设施工作的这段时间里，我的桌面技能、分析思维、商业技能和客户服务培训都得到了精心策划，使我成为一名全面发展、有吸引力的毕业生。”